Urodzony 24 października 1933 roku w Poznaniu. Syn Andrzeja Franciszka Ksawerego hr. Mańkowskiego herbu Zaremba (1910-2001) i Klementyny Marii Czarkowsko-Golejewskiej herbu Awdaniec (1910-2003).
Jego matka, żona właściciela dóbr w Winnej Górze, w czasie II wojny światowej była podwójnym szpiegiem. Zaangażowana w tajną organizację podziemną Muszkieterów (utworzyli ją żołnierze gen. Kleberga tuż przed kapitulacją w październiku 1939 roku), została brytyjskim wywiadowcą. Formalnie pracowała dla Abwehry, ale z polecenia kierownictwa Muszkieterów zbierała informacje dla Brytyjczyków.
We wrześniu 1939 r. w pałacu w Winnej Górze zamieszkało kilku oficerów Wehrmachtu. Demonstrowali nienaganne maniery, dobrą znajomość francuskiego i krytyczny stosunek do Hitlera. Dzięki ich pomocy do pałacu sprowadzono ciężko rannego męża Klementyny. Gdy w grudniu 1939 r. gestapo wyrzuciło Mańkowską i dzieci z Winnej Góry, pomógł jej inny oficer Wehrmachtu. W ten sposób trafiła do Warszawy.
„Była hrabina Klementyna Mańkowska piękną kobietą o „aryjskiej” urodzie. Gustowała w garderobach. Starannie upinała włosy. Mówiła biegle kilkoma językami i na mężczyznach różnych nacji robiła piorunujące wrażenie” – napisał o matce Mańkowskiego poznański historyk, prof. Waldemar Łazuga.
Dzięki urodzie, odwadze, inteligencji i umiejętnościom aktorskim wychodziła cało z najtrudniejszych opresji. Aresztowana w Paryżu w 1941 r., była oskarżona przez gestapo o współpracę z polskim i angielskim wywiadem. Miała jednak dobre alibi, po trzech godzinach usłyszała, że jest wolna.
W 1942 r. we Francji odbyła kilka spotkań z wysokiej rangi oficerami Abwehry – być może z samym szefem Abwehry, admirałem Canarisem. Zbierała informacje o konspiracji wśród niemieckich wysokich dowódców wrogich Hitlerowi. W Anglii została „fałszywie aresztowana”, a dostarczone przez nią informacje uznano za wyjątkowo cenne. Za wybitne zasługi wywiadowcze miała otrzymać krzyż św. Jerzego, ale sprzeciwił się gen. Bór-Komorowski i Armia Krajowa – z powodu konkurencji, jaką była jej działalność dla pracy polskiego wywiadu.
Przez Szkocję wyjechała do Konga, skąd po wielu latach przeniosła się do Francji, otrzymując po latach wysokie odznaczenia państwowe od prezydenta Francji oraz Niemiec. Za zasługi władze francuskiej wyspy Noirmoutier przyznały jej po wojnie duży majątek ziemski. Zmarła w 2003 r.
Po wojnie dzięki wybitnemu poznańskiemu naukowcowi, prof. Władysławowi Węgorkowi, dyrektorowi Instytutu Ochrony Roślin, w 1963 roku majątek w Winnej Górze został przejęty przez Instytut. W roku 2003 pałac, park i zdecydowana większość majątku została wydzierżawiona, a potem sprzedana fabrykantowi ceramiki łazienkowej ze Środy Wielkopolskiej, Stanisławowi Hybnerowi, który przeprowadził w pałacu gruntowny remont. W czerwcu 2018 roku pałac za kwotę 9,5 miliona zł nabył samorząd województwa, z przeznaczeniem na muzeum wielkich Wielkopolan, Jana Henryka Dąbrowskiego i Józefa Wybickiego.
Krzysztof Mańkowski mieszka dziś w Poznaniu, na wzgórzu św. Wojciecha, nieopodal Krypty Zasłużonych Wielkopolan, w którym pochowana jest urna z sercem gen. Jana Henryka Dąbrowskiego, pierwszego właściciela Winnej Góry (otrzymał ją z rąk Napoleona) i krewnego hrabiego. W pałacu w Winnej Górze od 10 października 2018 roku znajduje się oddział Muzeum Ziemiaństwa w Dobrzycy. We wnętrzach rezydencji, kojarzonej przede wszystkim z generałem Dąbrowskim, mieszczą się pamiątki po twórcy Legionów Polskich we Włoszech.
