Syn sołtysa Pacanowic (powiat Pleszew), miał siedmioro rodzeństwa: trzy siostry i czterech braci. Wysiedlony wraz z rodziną z gospodarstwa 12 sierpnia 1940 roku.
Zawieziono ich furmanką do Lenartowic, do szkoły. A potem autobusami do Łodzi, do magazynów na ul. Żeligowskiego 41. Na wysiedleniu w Łodzi mieszkali w magazynach na cementowej posadzce. Za naśmiewanie się z Hitlera omal nie stracił życia, ciężko pobity przez gestapowców.
Miesiąc później wywieziono ich do Frampola (Lubelskie), dostali tam pokój z kuchenką. Tam Janek zaczął chodzić do szkoły – i tam spędził z rodziną całą wojnę. Jego ojciec pracował w miejscowej szkole, przerobionej przez Niemców na koszary – a potem przekazywał o tym informacje partyzantom. Żyli m.in. z kartek żywnościowych z koszar.
We Frampolu Jan Jankowski był też świadkiem masowych egzekucji na miejscowych Żydach.
