W grudniu 1940 rodzina Wawrzyniaków została wysiedlona z domu w Kicinie i wywieziona do obozu przesiedleńczego w Łodzi, a następnie do wsi Ochudno koło Wyszkowa (Generalne Gubernatorstwo). Od wiosny 1942 Franciszek Wawrzyniak zaangażował się w działalność Armii Krajowej. W 1945 roku po powrocie do Poznania wraz z kolegą Zbigniewem Kosmowskim oraz Rudolfem Majewskim założyli Konspiracyjny Związek Młodzieży Wielkopolskiej. Organizacja skupiała w swoich szeregach głównie harcerzy 15. drużyny harcerskiej przy Gimnazjum i Liceum im. Marii Magdaleny w Poznaniu.
W styczniu 1947 – po mordzie na Janie Stachowiaku, członku konspiracyjnej organizacji, posądzanym o współpracę z UB – nastąpiły aresztowania. Franciszek Wawrzyniak został aresztowany 25 stycznia 1947. Po ciężkim śledztwie w areszcie śledczym UB przy ul. Kochanowskiego w Poznaniu został skazany na 10 lat pozbawienia wolności. W styczniu 1952 w wyniku amnestii wyszedł z więzienia w Potulicach.
Po powrocie do rodzinnego Kicina ukończył rozpoczętą po wojnie naukę w gimnazjum kupieckim w Poznaniu. Następnie podjął pracę zawodową w PGR Naramowice, a później także m.in. w Poznańskiej Spółdzielni Mleczarskiej oraz Spółdzielni Inwalidów Niewidomych. W 1989 roku zaangażował się w budowę Komitetów Obywatelskich w Poznaniu.
Kpt. Franciszek Wawrzyniak ps. „Zuch”, Żołnierz Armii Krajowej Okręg Wyszków, Członek Konspiracyjnego Związku Młodzieży Wielkopolskiej, więzień polityczny odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, Krzyżem Armii Krajowej, Krzyżem Związku Więźniów Politycznych.