Inżynier i prawnik, członek Stowarzyszenia Katyń. Syn Jana Michała Madziary, doktora prawa i majora audytora Wojska Polskiego, rozstrzelanego w 1940 roku w Charkowie. Jego ojciec był sędzią wojskowym, wcześniej – uczestnikiem walk o Lwów i wojny polsko-bolszewickiej. Wybudował dom w Poznaniu na ul. Szelągowskiej. W 1939 r. pracował w sądzie wojskowym w Brześciu nad Bugiem. We wrześniu 1939 r. 7-letni wówczas Jan wraz z ojcem znalazł się w twierdzy w Brześciu. Razem wycofywali się na wschód, dojechali nawet do Zaleszczyk, ale nie przekroczyli granicy rumuńskiej. Wrócili do Równego, gdzie ojciec Jana został rozbrojony i dostał się do sowieckiej niewoli. Ojciec przekazał syna przypadkowo przechodzącej kobiecie z walizeczką i adresem stryjostwa. Chłopak trafił ostatecznie pod opiekę stryjenki.
Dwukrotnie zobaczył się jeszcze z ojcem w prowizorycznym obozie jeńców polskich. Za trzecim razem miał z nim tylko kontakt wzrokowy. Ojca Jana i innych jeńców wywieziono do obozu w Starobielsku. Jan Madziara dzięki pomocy stryja z Łucka w styczniu 1940 roku przejechał pociągiem towarowym do Hrubieszowa w niemieckiej strefie okupacyjnej. Tam odebrała go mama i razem dojechali do siostry ojca w Przytkowicach. Gdy w 1943 r. Niemcy ogłosili światu, że Sowieci zamordowali w Katyniu polskich oficerów, na liście ofiar nie było Jana Michała Madziary. O tym, że jego ojciec zginął w tym samym czasie w Charkowie, Jan Madziara dowiedział się ostatecznie w czerwcu 1990 r., gdy prezydent Gorbaczow przywiózł do Polski listy ofiar egzekucji z 1940 roku.
Po wojnie Jan z matką osiedlili się w Poznaniu. Matka została zwolniona ze szkoły, gdzie uczyła języka angielskiego i niemieckiego. Po „odwilży” w 1956 r. dostała pracę korektorki w PWN. Jan ukończył liceum Marii Magdaleny. Na wymarzone studia w Szkole Inżynierskiej dostał się dopiero po podwójnym odwołaniu. Przeszkodą była informacja, że jest synem przedwojennego oficera. W 1990 r. odkryto miejsce pochówku zamordowanych Polaków w Piatichatkach pod Charkowem. Szczątków majora Madziary jednak nie odnaleziono. Jan Madziara był na miejscu trzykrotnie – m.in. w roku 2000, podczas poświęcenia cmentarza wojskowego z udziałem premiera Jerzego Buzka.
Zaangażował się w prace poznańskiego Stowarzyszenia Katyń i w starania o pomnik ofiar sowieckiej zbrodni w Poznaniu. A także w działania Stowarzyszenia Memoramus, kultywującego pamięć o zamordowanych wśród młodych pokoleń Polaków, Ukraińców i Rosjan. Był m.in. prezesem Towarzystwa Przyjaciół Muzeum Narodowego w Poznaniu.
