Wysiedlony z Piekarzewa w marcu 1944 r., w bydlęcych wagonach do Żabikowa, a potem do Niemiec (do Dessau). Jego matka była wdową z szóstką dzieci. Ojciec walczył w I wojnie światowej w armii niemieckiej pod Verdun.
Podczas wysiedlenia w Niemczech Stefan Kwaśniewski przeżył aliancki nalot w Dessau, jako dziecko został pracownikiem przymusowym w Ledeburgu pod Magdeburgiem. Dostawał pół litra mleka i jedną bułkę na dzień. Jego mama zatrudniona była w fabryce potasu. Jak opowiada, miejscowi Niemcy zachowywali się wobec nich lepiej, niż Niemcy w okupowanej Polsce. – To byli wspaniali ludzie, pomagali jak mogli. Byli w porządku, naprawdę – dodaje.
Kwaśniewscy zostali oswobodzeni przez Amerykanów. Jeden z jego braci, który przebywał na robotach w Oldenburgu, dostał się do dywizji gen. Maczka. Po wojnie, wraz z matką wrócili do Polski. W latach 1954-1956 Stefan należał do Młodzieżowej Armii Krajowej (MAK) w Pleszewie. Roznosili ulotki o sowieckim mordzie w Katyniu (Kwaśniewski widział w Niemczech dokumentalne filmy niemieckie z Katynia). Po wsypie został aresztowany, ciężko pobity przez miejscowego ubeka. Potem siedział w więzieniu na Młyńskiej w Poznaniu.